As causas dos quistos são numerosas. Alguns, como os quistos sebáceos na pele, podem resultar de obstrução do canal excretor de uma glândula; outros, comos os quistos do ovário, de uma actividade anormal de um órgão e aparecimento de um líquido gelatinoso, sem drenagem.

Finalmente, podem formar-se quistos à volta de parasitas em órgãos como o fígado, o cérebro ou a parede intestinal, como na hidatidose, cisticercose e amebíase.

Outros tipos de quisto incluem o quisto de Baker e o quisto dermóide. Os quistos são geralmente benignos, mas podem perturbar a função do órgão ou tecidos em que se desenvolvem. Estes quistos são geralmente removidos cirurgicamente.